Es waren meist Bauern oder Landsleute
aus Oberösterreich, Kärnten und Tirol, die protestantisch waren und sich vor den
Verfolgern der Gegenreformation versteckten. Um 1600 ließ Ferdinand der Zweite
eine Gegenreformation anlaufen und viele Menschen wurden rekatholisiert. Infolge
der Gegenreformation verließen nach Schätzungen rund 100.000 Protestanten
Österreich. Der eifrigste Verfechter des katholischen Glaubens war Kaiser
Ferdinand II. (1619-37); er beseitigte den Protestantismus in Österreich
bis auf einzelne Enklaven. Seine Anstrengungen setzte sein Nachfolger
Ferdinand III., wenngleich nicht mehr mit der Härte seines Vaters, fort.
Noch im 18. Jahrhundert wurden Maßnahmen gegen Geheimprotestanten, wie
Zwangsumsiedlungen nach Ungarn und Siebenbürgen durchgeführt, Friedhöfe zerstört
und eingeebnet, und lutherische Schriften wurden öffentlich am Scheiterhaufen
verbrannt.
Die meisten Bauern blieben aber in ihrer Heimat und wurden zu Geheimprotestanten. Sie bekannten sich zwar nach außen hin zur alten Religion, hielten aber im Geheimen an der Lehre Luthers fest. Diese Landsleute versteckten ihre evangelischen Bücher in Ställen, Mühlen, hohlen Bäumen und Höhlen und von Zeit zu Zeit trafen sie sich in abgelegenen Scheunen zu improvisierten Gottesdiensten. Da alle Maßnahmen zur Bekämpfung des Geheimprotestantismus erfolglos geblieben waren, wurden von Kaiser Karl VI. besonders fanatische Lutheraner nach Siebenbürgen ausgesiedelt. Erst Kaiser Josef II., der als Volkskaiser verehrt wurde, erließ am 13. Oktober 1781 das Toleranzpatent, das den Geheimprotestanten die völlige Glaubensfreiheit brachte. Mit diesem Toleranzpatent wurde die evangelische Kirche als offizielle Religion im damaligen Österreich geduldet. Doch der Tiroler Landtag verweigerte die Anerkennung des Toleranzpatents im eigenen Land und dadurch kam es zur Ausweisung von etwa 500 Evangelischen aus dem Zillertal im Jahre 1837. Erst viel später konnte sich das Toleranzpatent auch in Tirol Geltung verschaffen.